Foi freguesia do extinto concelho de Castelo Bom e até aí governada por um juiz de vara, acompanhado por seis ilustres do povo e todos dependentes dos juízes ordinários daquela vila.
Naves desempenhou papel importante durante as revoltas do tempo de Costa Cabral, tendo aqui sido instalada a segunda brigada das tropas comandadas pelo visconde da Fonte Nova e que faziam o cerco a Almeida.
A igreja de S. Tiago das Naves já aparece citada no arrolamento paroquial de 1320, tendo sido taxada em 15 libras. Era um curato apresentado pelo vigário de Castelo Bom, vencendo o cura uma côngrua de sete mil réis e o pé de altar.
Segundo o pároco de 1758, existiu aqui uma casa fortificada, "com seteiras nas paredes das quatro partes", para se defenderem os moradores em tempo de guerra e servia de tulha dos dízimos em tempo de paz. Durante as Ladainhas de Maio afluíam aqui romagens de diversas freguesias, como Junça e S. Pedro de Rio Seco.